Contrairement à l'essence, l'alcool a la propriété d'être hydrophile. Il est donc important de veiller à ce que le minimum d'humidité soit présent dans votre réservoir. Aussi, en cas d'utilisation ponctuelle, il est vivement conseillé de laisser le réservoir rempli au maximum. De plus, en phase d'hivernage, le mieux est soit de vidanger complètement le réservoir, soit de le remplir uniquement avec de l'essence.

Pour les moteurs ayant déjà fonctionner longuement à l'essence, le réservoir risque de contenir de nombreuses impuretés au fond et ces dernières vont remontés avec l'utilisation de l'éthanol. Aussi, il est impératif de changer le filtre à carburant au bout d'une trentaine d'heures de navigation. Si le réservoir est très sale, le mieux est de le nettoyer pour éviter de fatiguer inutilement la pompe à carburant.

De même, il est possible qu'il soit nécessaire de changer la sonde lambda amont (durée de vie environ 2600 h), car celle-ci sera sans doute fatiguée et n'enverra donc plus, en temps réel, la bonne information au calculateur pour un mélange air/carburant idéal.